这天，小智带着自己的宝可梦和小刚的宝可梦对战着，小霞则是在不远处的小河边垂钓着。
“鸭嘴炎兽，大字爆炎！”
“大岩蛇，挖洞避开！”
鸭嘴炎兽的大字爆炎没有击中大岩蛇，反而是轰向前面的岩壁，使得岩壁瞬间崩溃，一处遗迹出现在小智一行人的眼前。
小智看着眼前的遗迹，瞬间明白了这是哪个剧情，立刻用波导之力跟超梦和越梦沟通着，让它们做好战斗准备。同时，也庆幸自己这几天都将胖丁带着训练。
小霞也放下了钓竿，抱着波克比一路小跑过来，当她看到遗迹的时候，问道：“这是什么啊？”
小刚走过去，翻了翻石头，想看看有没有什么宝物，还真让他发现了东西：“诶？这是？”小刚拿出来后小霞跑去看了，是一个土黄色上面带有黑色奇特花纹的东西。
就在这时，一名少女突然出现，一把从小刚的手里夺过那个东西，再拿出放大镜鉴定了一会儿后，一脸兴奋地对着远方喊道：“这个是……啊！不会错了！就是这个，团长！发现金色之眼了！”而后，一位大叔突然出现接过了那个被他们称为金色之眼的东西，对少女表扬道：“终于找到了，你做得很好。”
小刚见到美丽的女性后，又开始犯花痴了，语无伦次地说道：“你好！我是第一个发现的人。今天，黄道吉日，事业有成。”不过这次的这个女生跟其他以往被小刚骚扰女生不同，只见那个女生拉着小刚的手说道：“真是太感谢你了！我叫怀特，请多多指教。”随后，怀特就和团长说道：“可是，没想到，竟然这么容易就找到了。我还有点不敢相信呢！”
随后，大家都自我介绍下，怀特就和团长邀请小智一行人去他们扎营的地方参观。
在怀特的带领下，小智一行人来到了帐篷中，听到超古代文明，小霞指了指前面的一只可达鸭土偶感慨地道：“这个是可达鸭吗？居然崇拜起可达鸭，超古代文明还真是不可思议耶！”就在怀特在和小智一行人说超古代宝可梦的时候，团长大叔急冲冲地跑了进来，手中拿着一对汤匙，对怀特喊道：“怀特，你看这个。”看到那对汤匙后，怀特也激动起来，问道：“是跟黄金之眼一样的结晶，你是在哪里发现的？”团长大叔回答道：“在铜器的后面发现的。”
拿着汤匙，怀特看着黄金之眼自言自语地道：“宝可梦文明的两个力量，难道就是这个？”团长见怀特在思考，就出去了。怀特思考完，拿出了一块石板，上面有一些文字，小霞和小刚好奇地看了看，发现完全看不懂，怀特解释道：“这上面的就是宝可梦文字。”小霞问道：“上面都写了些什么啊？”小智则是拿出两个精灵球说道：“这个时候就应该用这两只了，出来吧，喵喵跟耿鬼！”喵喵跟耿鬼一出来就开口说道：“喵！桀桀！有什么事吗？”小霞和小刚也想起来小智有两只会说话的宝可梦了。而怀特就比较的激动了：“这两只宝可梦会说话嘞！”毕竟是第一次见到会说话的宝可梦。
小智对喵喵和耿鬼说道：“你们去翻译一下那块石板上的宝可梦文。”耿鬼和喵喵点了点头，就去看石板上面的文字了。看了一会，喵喵和耿鬼对着石板念道：“毁灭世界的两股力量，黑色的黑暗，染黑了天空，金色的眼眸，扰乱了气，把世界一分为二的争端，人类束手无策，异界之门在天空打开，此时，突然出现了一股平息一切的力量，化为圆形回到地平线以下。”随着耿鬼和喵喵的念完，耿鬼和喵喵纷纷对小智说道：“可怕！念完这段话后，我们感应到可怕的东西正在复苏！”接着，马上回到了精灵球中，无论小智怎么呼唤，这两只宝可梦就是不出来了。
时间来到了晚上，在小智一行人和怀特他们都睡了之后，火箭队三人组开始行动了，喵喵说：“我们赶紧去拿宝物吧！喵！”看来是迫不及待地想要宝物了，而小次郎虽然想要宝物，可一想到小智一行人就觉得非常地为难地说：“可是，那个车里……”武藏则是认为真正的宝物还在地底，让阿柏怪卖力地挖着：“那些都是些微不足道的东西，真正的宝物一定还在地底，出来吧，阿柏怪，你钻到地底，把最好的宝物给我拿过来。”
不一会儿，山壁开始震动，火箭队三人组欢呼雀跃：“耶！成功了！”
看着阿柏怪嘴里黑漆漆的东西，小次郎有些怀疑地说道：“那个就是宝贝吗？”随后，喵喵也表示不怎么样：“看起来不怎么样啊喵！”武藏也对阿柏怪问道：“难道里面没有金光闪闪的东西？”
就在这时，黑色的东西突然发出红光，把阿柏怪吞噬了，火箭队三人组还没有反应也被吞噬了。
时间来到第二天早上，小智一行人起床后，就在遗迹附近发现了巨大的脚印，小智知道它已经出现了，而怀特还在看着脚印，想要研究出什么。
就在这时，团长发现了那个黑色的东西，但是，刚触碰到就被黑暗吞噬了，小智见状，立刻边跑边喊道：“大家快点离开这里！”拉着小霞的手向前跑去，小刚也拉着怀特的手赶紧向前跑。
小霞看着巨大的耿鬼，吃惊地说道：“这么大的耿鬼啊！”小智对着怀特说道：“怀特，你还记得石板上的文字吗？黑色的黑暗，指的就是耿鬼啊！”怀特顿时间恍然大悟。小智看着耿鬼向真新镇的方向跑去，向怀特大喊：“怀特！将金色之眼给我！快啊！”怀特也将金色之眼迅速地扔给了小智，小智迅速拿过金色之眼，将汤匙往金色之眼里一插，巨大胡地登场了。怀特再次念道：“金色的眼眸，扰乱了气。难道就是胡地？”怀特看向小智，只见小智点了点头，说道：“这就是超古代灭亡的原因啊！”
怀特再次看向了两只巨大的宝可梦，开打了，两只宝可梦的绝招碰到了一起，天空出现了一个洞。看着这一幕，怀特念道：“异界之门在天空打开。”小霞和小刚说道：“难道我们就这样看着吗？”怀特点了点头。
这时，小智突然站出来，派出胖丁：“胖丁，就决定是你了，使用唱歌！”胖丁听到是让它唱歌，非常高兴，于是，它陶醉地放声歌唱着，就在这时，巨大胖丁被唤醒了。
怀特震惊地看向小智，张嘴想问些什么的时候，巨大胖丁开始唱歌，大家立刻捂住耳朵，跟小智的胖丁相比，巨大胖丁的歌声太大了，完全就是噪音。小智也说道：“这个就是平息一切的力量啊！”然后就和大家一起倒地睡着了。
当小智醒来之后，发现时间已经是傍晚了，叫醒了皮卡丘，波克比，小霞，小刚，还有怀特，团长，小刚看到超古代宝可梦都不见了，问道：“巨大耿鬼，胡地，胖丁呢？”怀特回答道：“它们一定是都化成圆球回到地平线以下了。”
火箭队三人组也趁着这个空隙溜走了。告别了怀特等人，小智一行人也就回到真新镇的小智家中。距离石英联盟大赛的开始时间也越来越近了。